มีโรคทางพันธุกรรมที่ทราบกันดี 3 โรคเกี่ยวกับการเผาผลาญฟรุกโตสในมนุษย์ ฟรุกโตซูเรีย (ภาวะขาดฟรุกโตไคเนส) เป็นภาวะที่ไม่มีอาการซึ่งเกี่ยวข้องกับระดับฟรุกโตสในปัสสาวะที่สูง ภาวะแพ้ฟรุกโตสที่ถ่ายทอดทางพันธุกรรม (ภาวะขาดอัลโดเลส บี) และภาวะขาดฟรุกโตส-1,6-ไบฟอสฟาเทส ซึ่งจัดเป็นภาวะบกพร่องของกระบวนการสร้างกลูโคสใหม่ด้วย