การลบยีนที่อยู่ติดกันบนโครโมโซมทำให้เกิดกลุ่มอาการที่หายากมากจำนวนหนึ่ง (Prader-Willi, Miller-Dieker, DiGeorge เป็นต้น) การวินิจฉัยกลุ่มอาการเหล่านี้เป็นไปได้เนื่องจากการปรับปรุงวิธีการเตรียมโครโมโซม หากไม่สามารถตรวจพบการลบยีนโดยใช้แคริโอไทป์ จะใช้โพรบ DNA เฉพาะกับบริเวณที่ถูกลบออก