การไฮบริดไดเซชันสามารถทำได้ไม่เพียงแต่บนเจล แผ่นกรอง หรือในสารละลายเท่านั้น แต่ยังสามารถทำได้บนตัวอย่างเนื้อเยื่อหรือโครโมโซมด้วย วิธีนี้เรียกว่าการไฮบริดไดเซชันในแหล่งกำเนิด (in situ hybridization)
การทำ Southern blotting (พัฒนาโดย E. Southern และ R. Davis ในปี 1975) เป็นวิธีการหลักที่ใช้ในปัจจุบันในการระบุยีนที่ก่อให้เกิดโรค โดยจะสกัด DNA จากเซลล์ของผู้ป่วยและนำไปผ่านกระบวนการตัดด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะหนึ่งชนิดหรือมากกว่า
การย้อมสีแบบ Romanowsky-Giemsa, อะซีคาร์มีน 2% หรืออะซีตาร์ซีน 2% เป็นวิธีการที่ใช้กันทั่วไปในการย้อมโครโมโซม การย้อมสีเหล่านี้จะย้อมโครโมโซมทั้งหมดอย่างสม่ำเสมอ (เป็นวิธีที่ใช้กันทั่วไป) และสามารถใช้ตรวจหาความผิดปกติเชิงจำนวนของโครโมโซมในมนุษย์ได้
การตรวจสอบโครมาติน X และ Y มักถูกเรียกว่าเป็นวิธีการวินิจฉัยเพศอย่างรวดเร็ว โดยจะตรวจสอบเซลล์จากเยื่อบุช่องปาก เยื่อบุช่องคลอด หรือรูขุมขน นิวเคลียสของเซลล์เพศหญิงจะมีโครโมโซม X แบบดิพลอยด์สองตัว โดยตัวหนึ่งจะถูกปิดใช้งานอย่างสมบูรณ์ (ขดตัว อัดแน่น) ตั้งแต่ระยะแรกของการพัฒนาตัวอ่อน และมองเห็นได้เป็นกลุ่มของเฮเทอโรโครมาตินที่ติดอยู่กับเยื่อหุ้มนิวเคลียส
ในช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมา สัดส่วนของโรคทางพันธุกรรมในภาพรวมของโรคต่างๆ เพิ่มสูงขึ้น ส่งผลให้บทบาทของการวิจัยทางพันธุศาสตร์ในทางการแพทย์ภาคปฏิบัติเพิ่มมากขึ้น หากปราศจากความเข้าใจอย่างถ่องแท้ในด้านพันธุศาสตร์ทางการแพทย์ ก็เป็นไปไม่ได้ที่จะวินิจฉัย รักษา และป้องกันโรคทางพันธุกรรมและโรคแต่กำเนิดได้อย่างมีประสิทธิภาพ
