ข้อบ่งชี้ที่พบบ่อยที่สุดสำหรับการปลูกถ่ายกระจกตาคือภาวะกระจกตามีตุ่ม (pseudophakic, Fuchs endothelial dystrophy, aphakic), keratoconus, การปลูกถ่ายเนื้อเยื่อใหม่, กระจกตาอักเสบ (ไวรัส, แบคทีเรีย, เชื้อรา, Acanthamoeba, รูพรุน) และโรคกระจกตาเสื่อมจากเนื้อเยื่อเกี่ยวพัน