บทบาทที่สำคัญที่สุดในการพัฒนาของโรคแผลในกระเพาะอาหารเป็นที่จะเปิดในตอนท้ายของศตวรรษที่ XX จุลินทรีย์เชื้อ Helicobacter pylori (Helicobacter pyloric) ซึ่งจะช่วยลดคุณสมบัติในการป้องกันของเยื่อเมือกและเพิ่มการรุกรานของน้ำย่อย Helicobacter pylori ถูกตรวจพบใน 90% ของผู้ป่วยที่เป็นแผลในกระเพาะลำไส้เล็กส่วนต้นและใน 85% ของผู้ป่วยที่เป็นแผลในกระเพาะอาหาร