สาเหตุหลักของความเสียหายต่อเยื่อเมือกในปากและคอหอยคือการติดเชื้อ อย่างไรก็ตาม ควรทราบว่าอาการเจ็บคออาจเกิดจากปัจจัยที่ไม่ติดเชื้อได้เช่นกัน ได้แก่ ความเสียหายทางกลไก การได้รับควันบุหรี่ การสูดดมอากาศที่เป็นพิษหรือเย็นเกินไป ความเครียดของเสียง สิ่งแปลกปลอมในลำคอ การบาดเจ็บที่ลำคอ รวมถึงโรคของอวัยวะและระบบอื่นๆ
