การกำหนดแอนติบอดีต่อเศษส่วนไมโครโซมของต่อมไทรอยด์ใช้ในการวินิจฉัยโรคไทรอยด์อักเสบจากภูมิคุ้มกันทำลายตนเองและภาวะไทรอยด์ทำงานน้อย ซึ่งระดับแอนติบอดีในเลือดจะเพิ่มขึ้น แอนติบอดีต่อไมโครโซมของต่อมไทรอยด์จะสร้างคอมเพล็กซ์ภูมิคุ้มกันบนพื้นผิวของเซลล์ กระตุ้นการทำงานของคอมพลีเมนต์และลิมโฟไซต์ที่เป็นพิษต่อเซลล์ ซึ่งนำไปสู่การทำลายเซลล์และการเกิดกระบวนการอักเสบในต่อมไทรอยด์